Zaštita soje od korova vrši se primenom herbicida koji treba da omogući eliminaciju korovskih biljaka tokom cele vegetacije. Da bi se to postiglo, potrebno je napraviti dobar izbor herbicida koji će eliminisati uskolisne i širokolisne korove u soji. Soja je dosta osetljiva na herbicide, pa je potrebna veća pažnja pri njihovoj upotrebi.
Tretmani se mogu izvesti posle setve, a pre nicanja useva i korova kombinacijom herbicida na bazi S -metalohlora –DUAL GOLD 960 EC i herbicida na bazi metribuzina –MISTRAL. Ovom kombinacijom se postiže suzbijanje korova kao što su: gorušica, korovsko proso, muhari, divlji sirak iz semena, štirevi, ambrozija, pepeljuga, divlja mrkva, pomoćnica, abutilon i dr. Za dobro delovanje ovih herbicida neophodno je da padne oko 10 l/m² kiše.
Na jako zakorovljenim parcelama herbicid MISTRAL primenjen u dozi od 0,5kg/ha omogućava da soja raste neometano od strane korova do prve troliske.